사람을 먹고 끝없이 거대화하는 괴물, '이형'의 침공으로 세계가 멸망한 지 십여 년 후의 도쿄. 살아남은 사람들은 각지에 '집락'을 만들고, 강하고 씩씩하게 살아가고 있었다. 그런 '집락' 중 하나인 산겐차야 경로회에서, 노인들과 밝게 살아가는 소녀 아코. 사람을 해치는 대기 때문에 누구나 마스크를 써야만 살 수 있는 세계에서, 그녀만은 맨얼굴로 뛰어다닐 수 있었다. 아코의 언니 미코는, 통신 기술을 재건하여 각지의 사람들과 협력해 '이형'을 몰아내는 것을 꿈꾸고 있었다. 그러나 그들의 집락에 이형을 조종하는 자들이 침입한다. 차례로 쓰러지는 동료들. 아코를 배신하고 산겐차야를 떠난 미코. 잃어버린 모든 것을 위해, 아코가 떠나는 도쿄 관광. 이 여행……