시로 마사무네의 '공각기동대 1.5'의 이어지는 세계. 쿠사나기 모토코가 사라진 후의 공안 9과를 그린 '공각기동대' 최신작! 도호쿠의 토와다에서 쿠사나기 모토코의 오염된 의체가 발견되었다는 보고를 받고, 수사에 나선 토구사와 영능국에서 온 신참 츠나기. 사건과 관련된 종교단체 '아테루이'에 잠입하지만, 사이트의 숙적이라고 할 수 있는 강적을 마주친다. 한편, 오키나와에서도 모토코의 흔적이 있었다는 이유로 바토, 아즈마, 이시카와가 수사에 나서지만 중국 마피아의 습격을 받는다. 북과 남의 사건이 연결되며 관련자들의 음모가 드러나기 시작한다. 공안 9과는 사건이 밝아지기 전에 이를 막을 수 있을까!?