서기 2030년. 초고도 네트워크 사회에서 흉악해지는 사이버 테러와 전뇌 범죄에 대응하기 위해 정부는 비공인의 초법규 특수부대 공안 9과(통칭: 공각기동대)를 조직했다. 그러던 어느 날, 공안 9과 소속 토구사에게 형사 시절의 동료로부터 한 통의 전화가 걸려온다. 이는 6년 전 발생한 기업 테러 사건 '웃는 남자' 사건과 관련된 것이었다... '공각기동대 S.A.C.'의 대명사라고 할 수 있는 '웃는 남자 사건' 시리즈가 드디어 막을 올린다!!