여기는, 마녀가 '사냥당하는' 세계――. 수십 년 전에 나타난 '마녀'라는 자들은, 사람들에게 해를 끼치는 나쁜 존재로서 '사냥'의 대상이 되었다. 그런 상식에 의문을 품는 소년 아라하타 유우토는, 소꿉친구 유미노 미카게가 마녀로 변해버리는 것을 우연히 목격하게 된다. 미카게를 지키려고 분투하는 유우토. 그런 두 사람 앞에 마녀 배척을 계속하는 조직 홍련 교회의 마녀 사냥 부대가 나타난다――!