수학의 지위 향상을 위해 국민 전체를 인질로 삼는다── 학교 교육에서 수학이 사라진 일본. 닥터 피타고라스가 이끄는 테러 조직 '검은 삼각자'가, 수학의 복권을 요구하며 일본 정부에 선전포고를 했다. 수학을 싫어하는 경찰들은 우왕좌왕할 뿐. 그때 구세주로 나타난 것은, 수학에 관한 천재적인 중학생 소녀였다! 의무 교육에서 이과 과목을 배제한 정부의 방침에 이의를 제기한 닥터 피타고라스가 이끄는 수학 테러 조직 '검은 삼각자'. 수학을 싫어하는 경찰의 수사 협력자로 선택된 것은, 중학교 2학년의 천재 수학 소녀 하마무라 나기사였다. 무차별 살인으로 보이는 '검은 삼각자'에 의한 나가노현 연속 살인 사건에서, 나기사는 어떤 법칙성을 발견한다.